En el Seminario de San Carlos, Félix Varela fue discípulo de José Agustín Caballero, autor de Filosofía Electiva, un método de instrucción para sus estudiantes. Este texto se destaca por su rechazo a la filosofía escolástica y por el énfasis en la lógica aunque con cierto rechazo por la metafísica. Además niega el principio de autoridad, que es el punto de partida de la filosofía ecléctica. Varela escribió apuntes para sus estudiantes siguiendo el ejemplo de su maestro y estos escritos se convirtieron en Lecciones de Filosofía, el que fuera su más importante trabajo filosófico.
Como el Seminario dictaba que los estudiantes solo siguieran el texto preparado por el profesor, Varela pudo obviar completamente la filosofía tradicional escolástica y optar por la moderna. En gran parte influenciada por Locke, la filosofía que enseñó Varela da prioridad a una lógica que se convierte en teoría del conocimiento y deja la metafísica en un segundo lugar.
La filosofía de Varela se caracteriza por estar dirigida al mejoramiento de la sociedad. El conocimiento por sí mismo no tiene valor si su aplicación no beneficia a la humanidad. También se caracteriza por su patriotismo que ya fue una característica del pensamiento clásico griego. El hombre tiene el deber de cultivar su patria.
La primera lección “De la Dirección del Entendimiento,” se basa en el Ensayo sobre el origen del conocimiento humano del sacerdote catolico, Condillac (1746). Juan Bosco Amores Carredano confirma en Tradición y Modernidad que Varela “define el análisis como la operación de descomponer y recomponer todas las sensaciones percibidas que, después de pasar por las operaciones sucesivas de abstracción y juicio–este no será otra cosa que la relación establecida por el entendimiento entre la percepción y el objeto–, se constituye como el único medio de conocer con precisión la realidad.” (191)
La segunda lección “El Tratado del Hombre” abarca el hombre como ser físico, espiritual y también racional, y moral. En esta última parte articula el deber del hombre consigo mismo, la sociedad y Dios. La tercera lección trata la “Física del universo”. En esta lección planteó el atraso de la física aristotélica que en esos momentos se enseñaba en la Universidad de la Habana.
